由于生物有机肥是一种具有特殊功能的肥料，产品登记是在农业部微生物肥料登记中心进行的，由农业部颁发肥料登记证。不像复混肥、普通有机肥是在各省的农业厅土肥站进行肥料登记，颁发的是省级肥料登记证。证号表示方法为“微生物肥（登记年）临字（编号）号”或者“微生物肥（登记年）准字（编号）号”。
如果包装上没有标注，就是假生物有机肥。因为依据强制性标准规定，必须在包装上标注这一指标。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数（cfu）会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责任的行为。看包装上是否有“NY884—2012生物有机肥”标准生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同，生物有机肥执行的是NY884—2012有机肥料标准（代替NY884—2004），而普通有机肥是NY525—2012有机肥料标准（代替NY525—2002）。另外，还可以通过产品检验报告书检查生物有机肥的真伪。首先是查看该批产品检验报告上产品名称、检验依据、技术指标等与包装标识是否一致，一定查看“监督检验”报告，而不是“委托检验”或者是生产企业自己出据的检验报告；个别企业为迎合市场，刻意把有效活菌数（cfu）标得很高，这时一定要生产厂家出具在产品有效期内产品有效活菌数（cfu）指标的测定报告。
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